【最速解説】公募開始！第13回事業再構築補助金に関して

1. はじめに

2025年1月10日に第13回事業再構築補助金の公募が開始されました。

公募期間：令和７年１月10日（金）～令和７年３月26日（水）18:00まで（厳守）

今回の公募は「新規応募受付の最終回」となっており、次回（第14回）以降は再申請事業者のみが対象とされるか13回で制度が廃止なるかは未定となっています。

一方で、昨年度（令和5年度）から続いていた**行政事業レビュー（秋のレビュー）**などで指摘を受け、事業再構築補助金全体の運営体制や審査基準が大幅に見直されました。

とくに「事前着手制度の完全廃止」や「審査のAI活用強化」といった点は大きな変更です。

過去に比べると厳格化されている部分がある一方、コロナ借換要件を満たしている事業者への優遇・加点や、短期の大規模賃上げを行う場合の補助率アップなど、メリットも残されています。

ここでは、第13回公募に焦点を当てながら「外部有識者からの指摘」「公募要領の概要」「最新の変更点」「EBPM強化」などを解説します。ぜひ申請の際の参考にしてください。

2. 事業再構築補助金の外部有識者による指摘

事業再構築補助金はコロナ禍の緊急対策として開始されたため、最初のうちは多くの事業者が採択されていましたが、その後は外部有識者による以下のような指摘を受け、段階的な見直しが行われてきました。

多年度の財源確保の必要性「1回のみの活用が基本の制度なら、特別な基金設立で長期間を見越した予算を組む必要はあるのか」
使途の適正化「似通った事業内容（例：○○店の新規展開）が大量に採択されているが、本当に構造転換を促せているのか。成果検証は十分か」
執行体制と根幹業務外注の問題「事業計画の審査や採択・不採択の決定プロセスが多重下請け構造になり、責任の所在が不明瞭になっている」

こうした批判を受けて、審査手法の高度化や不適切事案の撲滅に向けた取り組みが進み、第12回事業再構築補助金では実質的に**“最終形”**の運営方針が示される形になっています。

3. 第13回事業再構築補助金の概要

第13回公募の公募要領が2025年1月10日に公開され、以下のスケジュールで受付・審査が行われます。

公募開始：2025年1月10日（金）
応募締切：2025年3月26日（水）18:00（厳守）
採択発表：2025年6月下旬～7月上旬頃（予定）

重要： 新規の応募受付はこの13回で終了となります。

今回も「成長分野進出枠（通常/GX）」「コロナ回復加速化枠（最低賃金類型含む）」といった形で公募が行われています。また、補助金額・補助率は大枠として前回（第12回）に引き続き、賃上げ要件などを満たすと上限アップ・補助率アップがある仕組みです。

成長分野進出枠（通常類型）

成長分野進出枠（GX進出類型）

コロナ回復加速化枠（最低賃金類型）

4. 第13回事業再構築補助金の主な変更点

4-1．申請枠・補助上限額の変更

申請枠そのものは、前回（第12回）から大きくは変わっていませんが、短期に大規模な賃上げを行う場合の上乗せ補助率や一部廃業費用の扱いなど、細かい要件が微調整されています。

成長分野進出枠（通常/GX）
コロナ回復加速化枠（最低賃金類型）
卒業促進上乗せ措置 / 中長期大規模賃金引上促進上乗せ措置

応募要領で要件が細かく分かれていますので、自社の従業員数・廃業有無・賃上げ状況に応じて確認しましょう。

4-2．事前着手制度の廃止

最も大きな変更点の一つが**「事前着手制度の完全廃止」**です。以前は、事前着手申請が認められれば交付決定前の発注・契約・支出でも補助対象となる可能性がありましたが、第13回では一切認められません。交付決定日より前に契約した経費は全額補助対象外となるため、焦って先行購入することがないよう注意が必要です。

4-3．コロナ借換要件・再申請要件

コロナ借換要件：コロナで抱えた既存債務を借換保証等でリファイナンスしている事業者は加点されます。
再申請要件：第14回公募以降は原則として「過去に不採択だった事業者」しか申し込めなくなる可能性が高いため、今回が新規事業者にとっての最後のチャンスです。

4-4．審査体制の強化

AIを活用した「重複申請検知」や「過剰投資防止チェック」がさらに強化される見通しです。また、交付審査・実績審査でもAIツールを導入しており、書類不備や虚偽記載が見つかれば採択取消・返還のリスクが高まっています。

5. EBPM（証拠に基づく政策立案）のさらなる強化

事業再構築補助金では、四半期ごとのモニタリング報告や財務諸表の提出など、採択事業者に対して厳格な報告義務が課されています。これは、EBPM（Evidence-Based Policy Making）の一環であり、補助金の効果・成果を定量的に検証するためです。

四半期ごとの事業化報告
進捗状況や売上・利益の変化を定期的に報告しなければなりません。

他補助金データとの突合
ものづくり補助金等、他の大型補助金申請履歴と連動した分析が行われます。

情報提供に関する加点措置
EBPMへの協力が加点される場合もあり、積極的に協力することで申請時の評価が向上することがあります。

6. 過去採択結果一覧から見える難易度

過去の事業再構築補助金は、公募回を追うごとに審査基準が厳しくなる傾向がありました。とくに第11回公募以降、採択率は3割前後まで落ち込み、計画の整合性や財務状況の健全性、賃上げ要件へのコミットなどが重視されています。

第13回公募はさらに審査厳格化が進んでおり、採択率は非常に低水準にとどまる可能性があります。しかし「主体的に事業計画を考え、付加価値向上・市場開拓への具体策を示せる」事業者にはまだチャンスがあります。

当グループの採択率は前半比較すると落ちておりましが、以前安定して高水準をキープしております。

採択率は平均60％以上を保っており、製造業に至っては80％以上を維持しております。

弊社では、採択率80％を超える士業コンサルタントによる事業計画書の改善レポートを実施しております。

通常5万円をレポートを13回事業再構築補助金においては無償でご支援しております。

ご希望の事業者様はお問い合わせくださいませ。

7. 資料請求・お問い合わせ

事業再構築補助金は公募ごとに要件や注意点が変わり、書類の不備や認識不足が不採択の大きな原因になります。

交付決定より前の着手が全額NG
コロナ借換要件や短期賃上げ要件のチェック
過去の採択率低下に伴う審査段階での留意点

当社では、これまでに数多くの大型補助金（事業再構築補助金、ものづくり補助金など）の支援実績がございます。もし第13回公募へのチャレンジを検討されている場合は、ぜひ早めにご相談ください。

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AMS自動車整備補助金助成金振興社では

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8.余談

事業再構築補助金の外部有識者による意見

事業再構築補助金に関しては、昨年令和5年11月12日(日)に内閣官房行政改革推進本部事務局が実施した「令和5年度秋の年次公開検証（「秋のレビュー」）」において以下の論点で指摘されていました。

多年度の財源確保の必要性について

「本制度は中小企業が1回のみの活用が可能であり、各年度ごとに必要な予算を設定するだけで充分だ。よって特別な基金を設立する必要はないのではないか。」

使途の適正化について

「このプログラムは、コロナ後の経済社会の変化に対応し、中小企業の事業再構築を支援して日本経済の構造転換を促すことを目的としている。しかし、多くの事業者が同じようなプロジェクト（例えば「フルーツサンド販売店の展開」）で採択されている現状は、この趣旨に沿っていない。また、「シミュレーションゴルフ」や「セルフエステ」のようなプロジェクトが多数採択されているが、これらの実態や効果についての詳細な検証が不十分ではないか。」

根幹業務の外注と執行体制の見直しについて

「計画の企画や審査などの根幹業務を民間企業に外注することは問題ではないか。また、現在の執行体制を考慮すると、基金の規模やプロジェクトの採択・審査件数が過大になっている可能性がある。」

内容としては外部有識者の方々から上記の論点で強めに批判されていたように感じます。

第12回の公募は再開されましたが、確かに公募要領を確認すると審査は厳しくなっていると思います。

ただ、事業再構築補助金に関してはこれまでの公募回でも交付申請の審査は非常に厳しくなっている傾向があり、どの公募回でも採択された事業者様は細かい審査に対していかに対応できるかという点が重要になってきています。

採択されてもその後の対応が進まない事業者様が多いこともあり、今回は応募時点で審査が厳しくなっている印象です。

「令和5年度秋の年次公開検証（「秋のレビュー」）」は以下のリンクよりご確認できます。

参考：令和５年秋のレビュー特設ページ - ２日目 (gyoukaku.go.jp )

秋のレビュー　２日目（令和５年11月12日開催）＞（コロナ関連）中小企業等事業再構築促進基金（経済産業省）よりご確認いただけます。

筆者の考え

事業再構築補助金の資料の一部 — 参照：中⼩企業庁技術・経営⾰新課（令和５年11⽉）「中⼩企業等事業再構築促進事業について」

事業として「フルーツサンド、シミュレーションゴルフ、セルフエステ」が多数採択されていることに関して、同じプロジェクトであれば他事業でも多く採択されていると思っています。

また、暗にこれらの事業は日本経済の構造転換を促さないと言われたような感じでまじめに事業に取り組まれている方々がかわいそうだと感じますね。

おそらく、事業々ではなく、組織的な申請を指摘しているニュアンスも感じますが、これらの事業を名指しで公開したことにより、事業者が不利にならないように配慮してほしいものです。

業務を民間企業に外注していることに関しては下に記載していますのでご確認ください。

事務局の体制

基金より、株式会社パソナが事務局として業務を委託し、専門業務に対して再委託先としてさらに1次委託、2次委託と多重下請け構造になっている。

この構造を見て、筆者は事務局が再委託先からの指摘を採択事業者へ伝えるような役割で肝心の専門的な業務の中身は把握していないのでは？と感じました。

実際に採択後に続く交付申請も半年以上待たされた挙句、事務局側の二転三転する発言に採択事業者も振り回されていると聞きます。

全ての責任がある事務局にあるとは思いませんが、事務局側の内部体制が良くなると健全な制度になると感じています。

事務局審査の改善・体制強化について

重複申請の排除強化AIを活用し、類似の計画書の使い回しを防止するための重複チェックが強化されます。閾値の見直しや対象範囲の拡大により、同一計画書の使いまわしを効果的に検知します。
一時的な過剰投資への対応特定のトピックで短期間に申請が集中した場合、一時的な流行によって過剰投資が誘発される恐れがあるため、システムでこれを検知し、より厳格な審査が行われます。また、新規分野への進出については、公募ごとに事業の新規性を再検証します。
交付審査・実績審査のAI化と高度化採択後の交付審査と実績審査においても、AIの導入などによりシステムが刷新され、審査プロセスの標準化と高度化が図られます。

こうした取り組みを通じて、全体として審査がこれまで以上に厳格化される見込みです。

これらの変更は、第11回までの事例を踏まえ、適正な審査と公平性の確保を目的としていますが、結果として申請者への要求水準が高まり、採択へのハードルが上がることになります。

そのため、申請を検討する事業者は、単に補助金獲得だけでなく、主体的な事業運営とその後の成長・存続を重視することが何より重要になってきます。

外部に全て任せきりでは不十分で、自社の主体性が問われます。実際当社の統計では主体性のある事業者は採択率が高い傾向があります。

EBPM　証拠に基づく政策立案の強化

四半期ごとの事業化段階報告の義務化事業化の段階で設定した短期アウトカムについて、四半期ごとに報告を義務付けます。
他補助金データの活用による効果検証他の補助金の申請データを活用し、不採択者のその後の売上や営業利益などのデータと比較するなどして、本補助金の効果を検証します。
共通デジタルデータ化による分析精度向上これまで事業者ごとに様式が異なっていた提出情報を、共通のデジタルデータで収集することで、分析がしやすくなります(例:賃借対照表や全体損益など)。
補助事業の効果分析と公表補助事業の効果について分析・検証を行い、その結果を公表します。